25 czerwca 1998, dwie godziny przed śmiercią, Marek Papała był w Wilanowie na przyjęciu imieninowym u emerytowanego generała brygady MSW PRL, Józefa Sasina przy ulicy Wiktorii Wiedeńskiej (tzw. „zatoka czerwonych świń”). W mieszkaniu znajdowali się: generał Józef Sasin, jego żona Janina oraz syn Jacek z żoną. Był też amerykański biznesmen polskiego pochodzenia Edward Mazur z kierowcą. Nadinspektor Papała zjawił się na ul. Wiktorii Wiedeńskiej około godziny 20:00. Mniej więcej godzinę wcześniej wyszedł stamtąd były funkcjonariusz Służby Bezpieczeństwa Hipolit Starszak z żoną. Początkowo to Mazur miał odwiedzić w domu Papałę. Około godziny 19:30 Papała i Mazur rozmawiali przez telefon. Chcieli doprecyzować miejsce spotkania. Mieli ustalić szczegóły wyjazdu Papały do Stanów Zjednoczonych. Komendant główny Policji Jan Michna proponował Papale wyjazd do Brukseli na stanowisko oficera łącznikowego.

Nadinspektor Marek Papała nigdy wcześniej nie był w domu Sasinów. Widywali się na imprezach u innych znajomych. Przez telefon Józef Sasin wyjaśnił, jak znaleźć mieszkanie. Marek Papała przyjechał po około 20 minutach. Zjawił się na imieninach przypadkiem, był zaskoczony, że obchodzona jest uroczystość. Nie pił alkoholu, bo prowadził samochód. Według relacji Józefa Sasina, Papała rozmawiał z Mazurem o wyjeździe do Stanów Zjednoczonych Ameryki. Zaraz po Papale (około pół godziny później) z domu Sasinów wyszedł Edward Mazur. Wcześniej proponował nadinspektorowi, by pojechali razem. Nadinspektor Marek Papała nie skorzystał z tej propozycji i wyszedł sam. Pojechał na Dworzec Centralny, skąd miał odebrać matkę, która przyjeżdżała do niego w odwiedziny[6]. Pociąg się spóźniał, więc wrócił tymczasowo do domu[7]. Według ustaleń prowadzących śledztwo Marek Papała w czwartek, 25 czerwca 1998, około godziny 22:00, podjechał samochodem marki Daewoo Espero pod budynek przy ul. Wincentego Rzymowskiego 17 w Warszawie, gdzie znajdowało się jego mieszkanie. Został zastrzelony przy swoim aucie. Sprawca oddał strzał w głowę z pistoletu z tłumikiem. Pocisk z wystrzału utkwił w oparciu fotela pojazdu i został odnaleziony przez policjantów prowadzących oględziny.

2 lipca 1998 Marek Papała został pochowany na cmentarzu komunalnym w rodzinnym Pruchniku.

Na cmentarzu w Pruchniku, w 20. rocznicę śmierci gen. Marka Papały uczczono pamięć tragicznie zmarłego byłego szefa Polskiej Policji. W imieniu Komendanta Głównego Policji wieniec złożył jego Zastępca nadinsp. Jan Lach wraz z insp. Markiem Odyńcem Naczelnikiem Zarządu w Rzeszowie Centralnego Biura Śledczego Policji oraz mł. insp. Piotrem Chmielem  Naczelnikiem Wydziału w Rzeszowie Biura Spraw Wewnętrznych.

Wieńce złożyli także: Komendant Wojewódzki Policji w Rzeszowie mł. insp. Henryk Moskwa wraz z zastępcami insp. Pawłem Filipkiem i insp. Tadeuszem Szymankiem oraz Komendant Powiatowy Policji w Jarosławiu mł. insp. Mariusz Rabka i Komendant Komisariatu Policji w Pruchniku asp. szt. Wojciech Mikłasz.

Wśród składających kwiaty był też Komendant Bieszczadzkiego Oddziału Straży Granicznej płk SG Robert Rogoz i ppłk SG Andrzej Papała – brat zmarłego szefa Policji..

W imieniu Wojewody Podkarpackiego dr Ewy Leniart wiązankę na grobie Generała złożył Janusz Miąsik z Wydziału Bezpieczeństwa i Zarządzania Kryzysowego Urzędu Wojewódzkiego.

W uroczystości wzięła udział żona gen. Marka Papały Małgorzata a także rodzina tragicznie Zmarłego ojciec Jan i siostra Krystyna. Hołd Generałowi oddali również samorządowcy: Wicestarosta Jarosławski Józef Szkoła, Mariusz Trojak Członek Zarządu Powiatu Jarosławskiego a także władze Pruchnika – Burmistrz Wacław Szkoła i sekretarz Robert Grządziel.

Modlitwie nad grobem zmarłego przewodniczył duszpasterz podkarpackich policjantów ks. Marek Buchman. Uroczystość odbywała się w asyście policjantów z Oddziałów Prewencji w Rzeszowie, którzy zapalili znicze i zaciągnęli wartę honorową przy grobie gen. Marka Papały. Nad przebiegiem uroczystości zgodnie z policyjnym ceremoniałem czuwał Naczelnik Wydziału Komunikacji Społecznej KWP w Rzeszowie mł. insp. Mariusz Skiba.