„Przed chwilą w wieku 84 lat odszedł do Domu Ojca śp. Ks. Biskup Tadeusz Pieronek – poinformował Proboszcz Katedry na Wawelu Ks. Prałat Zdzisław Sochacki. Wieczne odpoczywanie racz Mu dać. Panie +” – czytamy w komunikacie archidiecezji. 

25 marca 1992, wraz z reorganizacją podziału administracyjnego Kościoła w Polsce, Jan Paweł II mianował go biskupem pomocniczym nowo utworzonej diecezji sosnowieckiej i przydzielił mu stolicę tytularną Cufruta. Święcenia biskupie otrzymał 26 kwietnia 1992 w Bazylice św. Piotra w Rzymie. Udzielił mu ich Jan Paweł II, któremu asystowali kardynał Angelo Sodano, sekretarz stanu Stolicy Apostolskiej, i kardynał Franciszek Macharski, arcybiskup metropolita krakowski. Jako dewizę biskupią przyjął słowa „In veritate” (W prawdzie). W diecezji objął urząd wikariusza generalnego. 31 sierpnia 1998 Jan Paweł II przyjął jego rezygnację z obowiązków biskupa pomocniczego diecezji sosnowieckiej.

Został rezydentem archidiecezji krakowskiej, gdzie objął funkcję delegata Arcybiskupa Metropolity Krakowskiego do spraw nauki i kultury. W 2005 został mianowany kanonikiem Kapituły Metropolitalnej na Wawelu. Brał udział w procesie beatyfikacyjnym Jana Pawła II, przewodnicząc w latach 2005–2006 trybunałowi rogatoryjnemu w Krakowie.

W ramach prac Konferencji Episkopatu Polski był w latach 1992–1993 zastępcą sekretarza generalnego, a w latach 1993–1998 sekretarzem generalnym Konferencji. Został członkiem Rady Głównej (od 1996 Rady Stałej) i Rady Programowej Katolickiej Agencji Informacyjnej. Z nominacji Jana Pawła II od 11 maja 1998 do 21 czerwca 2010 pełnił funkcję przewodniczącego Kościelnej Komisji Konkordatowej. Jako sekretarz generalny Konferencji koordynował całość prac organizacyjnych podróży apostolskiej Jana Pawła II do Polski w 1997, zainicjował wydawanie „Akt Konferencji Episkopatu Polski”, a także przyczynił się do założenia Katolickiej Agencji Informacyjnej i Fundacji „Opoka”. W okresie, kiedy przewodniczył Kościelnej Komisji Konkordatowej, unormowano m.in.: kwestie małżeństw konkordatowych, problemy kościelnego szkolnictwa wyższego i wydziałów teologicznych na uniwersytetach państwowych, sprawy związane z ubezpieczeniem duchownych oraz zagadnienie statusu prawnego kapelanów szpitali i więzień.

Uczestniczył w przygotowaniach papieskiej podróży apostolskiej w 1999, a po jej zakończeniu przyczynił się do powołania Fundacji „Dzieło Nowego Tysiąclecia” i został członkiem Rady Fundacji. Objął przewodniczenie w kapitule Nagrody Totus w kategorii propagowanie nauczania Jana Pawła II oraz Radzie Programowej Instytutu Dialogu Międzykulturowego im. Jana Pawła II w Krakowie. W 2000 został przewodniczącym Komitetu Organizacyjnego Międzynarodowych Konferencji „Rola Kościoła Katolickiego w procesie integracji europejskiej”, odbywających się pod patronatem Komisji Episkopatów Wspólnoty Europejskiej.